Hyakka Ryouran: Samurai Girls – Berlatar cerita disebuah dunia alternative, zaman dimana Keshogunan Tokugawa masih hidup, disana para samurai dilatih disebuah akademi yang bernama Buou. Didalam akademi tersebut, para samurai gadis dengan pakaian minim, dilatih agar menjadi samurai sejati.

Cerita berfokus kepada Jubei Yagyu bersama teman temannya yang bernama Hanzo Hattori, Yukimura Sanada, Sen Tokugawa, Kanetsugu Naoe, dan Matabei Goto. Suatu hari Muneakira Yagyu pemilik dari dojo Yagyu yang memiliki kemampuan untuk membuka kemampuan samurai seseorang, telah membuka kemampuan Jubei, dan ternyata Jubei memiliki kemampuan sebagai kapten, yang dapat membuat seseorang menggeluarkan kemampuan samurai lewat ciumannya.

Kini, bersama dengan kelompoknya, Jubei mencoba untuk melawan dewan murid sekolah, yang sok berkuasa dan menindas murid murid yang lemah.