Untuk melawannya, pasukan khusus beranggotakan gadis-gadis muda yang disebut Pandora dilatih dan dididik di sebuah sekolah bernama Genetics bersama dengan para Limitter, pemuda yang nantinya menjadi partner mereka.

Fokus ceritanya sendiri berpusat pada kehidupan Aoi Kazuya, seorang cowok yang sekolah ke West Genetics.

Di hari pertamanya, ia langsung bertemu dengan Satellizer el Bridget, gadis pembuat onar yang sedang bertarung dalam sebuah turnamen sekaligus simulasi pertempuran sekolah.

Merasa bersalah karena telah menyebabkan kekalahannya, Kazuya pun bertekad untuk membantu Satellizer di pertarungan-pertarungan berikutnya dengan menjadi Limitter-nya.